根据国务院和国家税务总局关于省以下税务机构分设的要求，1994年9月28日，“樟树市地方税务局”正式挂牌成立，为正科级机构，行政上接受樟树市人民政府的领导，业务上接受宜春市地方税务局的领导。

根据职能配置需要，经市编委批准，市局内设办公室、人事教育科、监察审计科、税政科、征管科、计会科、财务科、稽查队8个正股级职能部门；下设税务一分局、税务二分局、税务三分局、临江税务分局、发票管理所、税务代理事务所、张家山税务所、经楼税务所、薛溪税务所、店下税务所、观上税务所、阁山税务所、大桥税务所、永太税务所、洋湖税务所、洲上税务所、刘公庙税务所、昌傅税务所、山前税务所、湛溪税务所、黄土岗税务所、义成税务所、中洲税务所23个正股级机构。但由于人员及办公用房不足等原因，刘公庙、洲上、薛溪、洋湖、大桥、阁山、中洲、义成、湛溪税务所未挂牌，只有十二个分局（所）挂牌开展工作；发票管理所和税务代理事务所在局机关一起办公。

1995年5月10日，省地税局同意成立“樟树市第一税务师事务所”（取代原“税务代理事务所”）。

1995年8月28日“樟树市地方税务局稽查队”更名为“樟树市地方税务局稽查分局”，为市局直属副科级机构。

1995年9月1日部分税务所更名为税务分局，即：张家山税务所更名为税务四分局、昌傅税务所更名为昌傅分局、黄土岗税务所更名为黄土岗分局、店下税务所更名为店下分局，其级别不变。

根据《江西省地税征管改革实施意见》、《宜春地区地税征管改革实施意见》和《樟树市地税征管改革具体实施意见》精神，1997年元月14日市局对征管范围进行调整后，观上税务所、永太税务所、经楼税务所、山前税务所、店下税务所就近并入征管范围相就的分局，市局下设机构调整为8个分局，即：税务一分局、税务二分局、税务三分局、税务四分局、临江税务分局、昌傅税务分局、黄土岗税务分局、稽查分局。

1997年2月18日，市局为加强对基建工程的管理，设立“樟树市地方税务局基建办公室”。

1997年5月30日，市人民政府办公室根据机构改革精神，制定了《樟树市人民政府地方税务局职能配置、内设机构和人员编制方案》，批准我局内设股级机构7个：秘书股、人事教育股、监察审计股、税政股、稽征管理股、计划会计统计股、财务股。并明确樟树市地方税务局稽查分局仍为市局下属机构（副科级）。并核定机关编制为20名（其中行政编19名，工勤人员编1名），领导职数4名。

1999年12月，根据上级文件要求，税务代理机构应作为一种社会服务机构，“樟树市第一税务师事务所”与樟树市地税局脱钩。

2000年7月，根据国务院和省政府关于地税机构管理体制改革的要求，全省地（市）、县（市、区）地方税务局实行上级地方税务机关和同级政府双重领导，以上级地方税务机关垂直领导为主的管理体制，樟树市地方税务局接受宜春市地方税务局和樟树市人民政府的双重领导，以宜春市地方税务局垂直领导为主。

2001年2月，市局撤销樟树市地方税务局基建办公室，其职责归口樟树市地方税务局办公室。

2002年8月，樟树市地方税务局按照省地税局机构改革方案进行了机构改革，市局机关内设办公室、人事教育股、税政管理股、征收管理股、计划财务股、监察室6个正股级部门，下设稽查局、征收管理局和6个农村派驻分局（二分局、三分局、四分局、临江分局、昌傅分局、黄土岗分局）共8个副科级机构，并设机关后勤服务中心、发票管理所、信息中心三个正股级事业单位。同时核定编制106名（其中行政编84名，事业编22名），局领导职数4名。